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--- hpc-cluster:r [2012/09/14 12:05]
jantha [Rmpi] .Rprofile einbinden
+++ — (current)
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-R ist auf dem Cluster installiert und verwendbar. Ein Vorteil des Clusters ist insbesondere die Möglichkeit, Berechnungen parallel durchzuführen. Dazu sind verschiedene Bibliotheken verfügbar.
-===== Rmpi =====
-Wenn man das Paket Rmpi direkt verwenden will, ist man selbst für die Verteilung der Jobs an die "Slaves" verantwortlich. Außerdem benötigt man ein Skript in beim Start von R dafür sorgt, dass die Slaves verfügbar sind. Das wird meist über eine Datei **.Rprofile** erreicht, die im Arbeitsverzeichnis oder im Homeverzeichnis liegen muss.
-Mögliche Arten, die .Rprofile einzubinden:
-  * .Rprofile im Arbeitsverzeichnis wird vom Jobskript für jeden Job extra hinkopiert (z.B. mit ''cp ~/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.15/Rmpi/Rprofile ./.Rprofile'')
-  * .Rprofile im Homeverzeichnis des Users
-  * Die Umgebungsvariable R_PROFILE setzen, sie kann auf eine beliebige Datei verweisen, die als .Rprofile genutzt wird. Die Umgebungsvariable kann im Jobfile, in der .bashrc oder in einem Modulefile gesetzt werden.
-===== dompi =====
-Mit dem Paket dompi kann man z.B. foreach-Schleifen einfach mit dem Zusatz ''%dopar%'' parallelisieren. Damit die Slaves hier richtig gestartet werden, darf es aber gerade **keine .Rprofile** geben.

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